Если во время бега колет в боку, то стоит подумать о том, чтобы не кушать перед самым забегом. А также просто больше бегать (как говорится, лучше меньше, да чаще). Или перейти на плавание, которое даёт организму физическую нагрузку самым, наверное, щадящим способом из всех возможных.
Хотя, конечно, ритмизированное дыхание в беге очень даже нужно. Впрочем, как и в любом другом виде физической активности